Het onderzoek is georganiseerd binnen het facultaire onderzoeksinstituut, het Amsterdam Institute for Humanities Research (AIHR), onder leiding van de facultaire onderzoeksdirecteur. Onder het AIHR vallen vijf Research Schools: ACLC, ARTES ASCA, ASH en AHM. Daarnaast participeert de faculteit in het interfacultaire Institute for Logic, Language and Computation (ILLC).